Aerobioomgebaseerde genomische surveillance van fungicideresistentie om de ontwikkeling en verspreiding van AMR in plantpathogenen en de bredere omgeving te volgen

AEROBIOMICS-AMR

Antimicrobiële resistentie (AMR) vormt een groeiende bedreiging voor de wereldwijde gezondheid en het overmatige gebruik van antimicrobiële stoffen in de landbouw draagt in belangrijke mate bij aan de ontwikkeling ervan. Met name plantpathogene schimmels vormen een groot probleem voor de voedselveiligheid en -kwaliteit, en nu er minder fungiciden beschikbaar zijn als gevolg van strengere regelgeving, neemt het risico op AMR-ontwikkeling toe. De huidige surveillancemethoden zijn traag en arbeidsintensief. 

Doel

Dit project heeft tot doel een nieuwe aanpak te ontwikkelen die de nieuwste technologische ontwikkelingen op het gebied van het bemonsteren van schimmelsporen uit de lucht combineert met high-throughput long-read Oxford Nanopore Technology (ONT)-sequencing om de ontwikkeling en verspreiding van AMR in schimmelpathogenen van graangewassen en het bredere milieu te volgen, waaronder de opportunistische menselijke ziekteverwekker Aspergillus fumigatus waarvan de sporen wijdverspreid zijn in de lucht die we inademen. 

Aanpak/werkwijze

Deze nieuwe aanpak voor de detectie van schimmelsoorten vanuit de lucht en de detectie van de fungicideresistentie-allelen zal worden gevalideerd met de laboratoriumgebaseerde conventionele fungicideresistentietests van de schimmels geïsoleerd uit natuurlijk geïnfecteerde planten die op dezelfde locaties als de lucht worden bemonsterd. 

(Verwachte) Resultaten 

Bemonstering in het vroege seizoen en diagnose van de status van AMR aan het begin van het groeiseizoen zullen leiden tot betere praktijken voor het beheer van graanziekten op basis van keuze en optimaal minimaal gebruik van fungiciden als onderdeel van IPM en het risico op verdere ontwikkeling van AMR in plantpathogenen verminderen. Uiteindelijk zal dit project helpen om onze voedselvoorziening veilig te stellen en tegelijkertijd de menselijke gezondheid te verbeteren en de biodiversiteit in het milieu in stand te houden.