ATLAS-STEM for Correlated Microscopy and Automated Electron Microscopic Imaging of Complete Cross-sections of Islets of Langerhans, Flies and Worms in Health and Disease
Producten
Auteur: de Vos, Paul, Smink, Alexandra M., Paredes, Genaro, Lakey, Jonathan R. T., Kuipers, Jeroen, Giepmans, Ben N. G., de Haan, Bart J., Faas, Marijke M.
Magazine: PLoS ONE
Auteur: Marta E. Capala, Henny Maat, Francesco Bonardi, Vincent van den Boom, Jeroen Kuipers, Edo Vellenga, Ben N. G. Giepmans, Jan Jacob Schuringa
Magazine: PLoS ONE
Auteur: de Vos, Paul, Smink, Alexandra M., Paredes, Genaro, Lakey, Jonathan R. T., Kuipers, Jeroen, Giepmans, Ben N. G., de Haan, Bart J., Faas, Marijke M.
Magazine: PLoS ONE
Auteur: Snijder, Pauline, Baratashvili, Madina
Magazine: Molecular Medicine
Auteur: Snijder, Pauline, Baratashvili, Madina
Magazine: Molecular Medicine
Auteur: Kuipers, Jeroen, de Boer, Pascal, Giepmans, Ben N.G.
Magazine: Experimental Cell Research
Auteur: Hodik, M, Skog, O, Lukinius, A, Isaza-Correa, J M, Kuipers, J, Giepmans, B N G, Frisk, G
Magazine: BMJ Open
Auteur: Jeroen Kuipers, Ruby D. Kalicharan, Anouk H. G. Wolters, Tjakko J. van Ham, Ben N.G. Giepmans
Magazine: Journal of Visualized Experiments
Link: http://www.nanotomy.org/OA/Kuipers2015JoVE/index.html
Auteur: Smink, Alexandra M, de Haan, Bart J, Paredes-Juarez, Genaro A, Wolters, Anouk H G, Kuipers, Jeroen, Giepmans, Ben N G, Schwab, Leendert, Engelse, Marten A, van Apeldoorn, Aart A, de Koning, Eelco, Faas, Marijke M, de Vos, Paul
Magazine: Biomedical Materials
Auteur: Reijnders CM, van Lier A, Roffel S, Kramer D, Scheper RJ, Gibbs S
Magazine: Tissue Engineering Part A
Auteur: Hoffmann, Roland F., Moshkin, Yuri M., Mouton, Stijn, Grzeschik, Nicola A., Kalicharan, Ruby D., Kuipers, Jeroen, Wolters, Anouk H.G., Nishida, Kazuki, Romashchenko, Aleksander V., Postberg, Jan, Lipps, Hans, Berezikov, Eugene, Sibon, Ody C.M., Giepmans, Ben N.G., Lansdorp, Peter M.
Magazine: Nucleic Acids Research
Auteur: Ena Sokol, Duco Kramer, Gilles F H Diercks, Jeroen Kuipers, Marcel F Jonkman, Hendri H Pas and Ben N G Giepmans
Magazine: Journal of Investigative Dermatology
Auteur: Kuipers J1, van Ham TJ, Kalicharan RD, Veenstra-Algra A, Sjollema KA, Dijk F, Schnell U, Giepmans BN.
Magazine: Cell tissue research
Auteur: Kralt, Annemarie, Carretta, Marco, Mari, Muriel, Reggiori, Fulvio, Steen, Anton, Poolman, Bert, Veenhoff, Liesbeth M.
Magazine: Traffic
Link: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tra.12243/epdf
Auteur: Hoffmann RF, Moshkin YM, Mouton S, Grzeschik NA, Kalicharan RD, Kuipers J, Wolters AH, Nishida K, Romashchenko AV, Postberg J, Lipps H, Berezikov E, Sibon OC, Giepmans BN, Lansdorp PM
Magazine: Nucleic Acids Research
Auteur: de Boer, P., Hoogenboom, J.P., and Giepmans, B.N.
Magazine: Nature Methods
Auteur: op den Dries, Sanna, Karimian, Negin, Westerkamp, Andrie C., Sutton, Michael E., Kuipers, Michiel, Wiersema-Buist, Janneke, Ottens, Petra J., Kuipers, Jeroen, Giepmans, Ben N., Leuvenink, Henri G. D., Lisman, Ton, Porte, Robert J.
Magazine: Liver Transplantation
Auteur: te Rijdt, Wouter P, van Tintelen, J Peter, Vink, Aryan, van der Wal, Allard C, de Boer, Rudolf A, van den Berg, Maarten P, Suurmeijer, Albert J H
Magazine: Histopathology
Auteur: Thiruvalluvan A, Czepiel M, Kap YA, Mantingh-Otter I, Vainchtein I, Kuipers J, Bijlard M, Baron W, Giepmans B, Brück W, 't Hart BA, Boddeke E, Copray S.
Magazine: Stem Cells Translational Medicine
Auteur: Maimets, Martti, Rocchi, Cecilia, Bron, Reinier, Pringle, Sarah, Kuipers, Jeroen, Giepmans, Ben N.G., Vries, Robert G.J., Clevers, Hans, de Haan, Gerald, van Os, Ronald, Coppes, Robert P.
Magazine: Stem Cell Reports
Auteur: Kuipers, Jeroen, Kalicharan, Ruby D., Wolters, Anouk H. G., van Ham, Tjakko J., Giepmans, Ben N.G.
Magazine: Journal of Visualized Experiments
Auteur: van Ham TJ1, Brady CA, Kalicharan RD, Oosterhof N, Kuipers J, Veenstra-Algra A, Sjollema KA, Peterson RT, Kampinga HH, Giepmans BN
Magazine: Disease Models & Mechanisms
Auteur: Maimets, Martti, Rocchi, Cecilia, Bron, Reinier, Pringle, Sarah, Kuipers, Jeroen, Giepmans, Ben N.G., Vries, Robert G.J., Clevers, Hans, de Haan, Gerald, van Os, Ronald, Coppes, Robert P.
Magazine: Stem Cell Reports
Auteur: Jeroen Kuipers, Pascal de Boer, Ben N.G. Giepmans
Magazine: Experimental Cell Research
Auteur: Sokol, E
Auteur: Snijder, P.M.
Auteur: Op den Dries, S
Verslagen
Eindverslag
Weefsel en kleine modeldieren worden met een bijzondere elektronenmicroscoop (EM) met veel detail ‘in kaart’ gebracht. De gegevens zullen via een “Google-maps” manier beschikbaar komen voor onderzoekers en bijdragen om de oorzaak en doeltreffendheid van therapie te begrijpen.Inmiddels zijn er >10 studies gepubliceerd, en EM data is vrijelijk toegankelijk (“open-acces”) via www.nanotomy.org , de site waar nu wereldwijd de grootste verzameling aan vrij toegankelijke EM-dat staat. Daarnaast zijn er in het UMCG >20 lopende (inter)nationale projecten die komende jaren worden afgerond, en onlangs zijn in Amsterdam en Nijmegen soortgelijke microscopen aangeschaft om ook daar dit soort analyses te doen.
Gezien dat deze microscoop zeer breed inzetbaar is zijn de projecten ook zeer uiteenlopend: Inzet van “nanotomy” heeft geleid tot meer basale kennis van hoe DNA gevouwen is en dit samenhangt met regulatie van het DNA (vlieg, worm, rat). Op iets grotere anatomische schaal hebben we de methode ingezet om kwantitatief het effect van bepaalde eiwitten op mitochondria te bestuderen, die bleken duidelijk aangedaan bij afwezigheid van een bepaald eiwit. Ook is de microscoop ingezet om neurodegeneratie en de rol van afweercellen te bestuderen (zebravis model); het creëren van mini-orgaantjes uit stamcellen, wat helpt om toekomstige transplantatiemodellen te ontwikkelen (mens); en ook in de mens het mechanisme van ernstige blaarziekten en de rol van cel-cel contacten . In Type 1 diabetes onderzoek worden humane eilandjes van Langerhans gebruikt. Onze methode heeft aangetoond dat deze eilandjes, afgekeurd voor transplantatie, ook voor onderzoek met het nodige wantrouwen gebruikt moeten worden: De morfologie is niet te vergelijken met de eilandjes in de mens. Ook zien we dankzij deze techniek dat de variatie tussen cellen veel groter is dan he ze stereotype in tekstboeken worden beschreven, wat kan duiden op additionele functies, of het teloorgaan van sommigen cellen. Omdat de data gigantisch zijn (typisch ca. 10 Gb per dataset, soms wel 40 Gb) is er ook vraag naar automatische analyze van de data. Daartoe hebben we probes en methoden ontwikkeld die “kleur” geven aan EM-beelden, afhankelijk van wat zich in een cel bevindt.