The best of both worlds: a genome-wide search for novel sensory disease genes using consanguineous and nonconsanguineous families
Producten
Auteur: Nishiguchi, K. M., Avila-Fernandez, A., van Huet, R. A., Corton, M., Pérez-Carro, R., Martín-Garrido, E., López-Molina, M. I., Blanco-Kelly, F., Hoefsloot, L. H., van Zelst-Stams, W. A., García-Ruiz, P. J., Val, J. D., Di Gioia, S. A., Klevering, B. J., van de Warrenburg, B. P., Vazquez, C., Cremers, F. P. M., García-Sandoval, B., Hoyng, C. B., Collin, R. W. J., Rivolta, C., Ayuso, C.
Magazine: Ophthalmology
Auteur: Siemiatkowska, A. M., Arimadyo, K., Moruz, L. M., Astuti, G. D., de Castro-Miro, M., Zonneveld, M. N., Strom, T. M., de Wijs, I. J., Hoefsloot, L. H., Faradz, S. M., Cremers, F. P. M., den Hollander, A. I., Collin, R. W. J.
Magazine: Molecular Vision
Auteur: Siemiatkowska, A. M., van den Born, L. I., van Genderen, M. M., Bertelsen, M., Zobor, D., Kohrschneider, K., van Huet, R. A. C., Nurohmah, S., Klevering, B. J., Kohl, S., Faradz, S. M. H., Rosenberg, T., den Hollander, A. I., Collin, R. W. J. & Cremers, F. P. M.
Magazine: Molecular Vision
Auteur: Siemiatkowska, A. M., van den Born, L. I., van Hagen, M. P., Stoffels, M., Neveling, K., Henkes, A., Kipping-Geertsema, M., Hoefsloot, L. H., Hoyng, C. B., Simon, A., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M. & Collin, R. W. J.
Magazine: Ophthalmology
Auteur: Littink, K. W., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M. & Collin, R. W. J.
Magazine: Advances in Experimental Medicine and Biology
Auteur: Roosing, S., van den Born, L. I., Hoyng, C. B., Thiadens, A. A. H. J., de Baere, E., Collin, R. W. J., Koenekoop, R. K., Leroy, B. P., van Moll-Ramirez, N., Venselaar, H., Riemslag, F. C., Cremers, F. P. M., Klaver, C. C. W. & den Hollander, A. I.
Magazine: Ophthalmology
Auteur: Khan, M. I., Collin, R. W. J., Arimadyo, K., Micheal, S., Azam, M., Qureshi, N., Faradz, S. M., den Hollander, A. I., Qamar, R. & Cremers, F. P. M.
Magazine: Molecular Vision
Auteur: Paun, C. C., Pijl, B. J., Siemiatkowska, A. M., Collin, R. W. J., Cremers, F. P. M., Hoyng, C. B. & den Hollander, A. I.
Magazine: Molecular Vision
Auteur: Bujakowska, K. M., Zhang, Q., Siemiatkowska, A. M., Liu, Q., Place, E., Falk, M. J., Consugar, M., Lancelot, M. E., Antonio, A., Lonjou, C., Carpentier, W., Mohand-Saїd, S., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M., Leroy, B. P., Gai, X., Sahel, J. A., van den Born, L. I., Collin, R. W. J., Zeitz, C., Audo, I., Pierce, E. A.
Magazine: Human Molecular Genetics
Auteur: Charizopoulou N, Lelli A, Schraders M, Ray K, Hildebrand MS, Ramesh A, Srisailapathy CR, Oostrik J, Admiraal RJ, Neely HR, Latoche JR, Smith RJ, Northup JK, Kremer H, Holt JR, Noben-Trauth K
Magazine: Nature Communications
Auteur: Mackay, D. S., Dev Borman, A., Sui, R., van den Born, L. I., Berson, E. L., Ocaka, L. A., Davidson, A. E., Heckenlively, J. R., Branham, K., Ren, H., Lopez, I., Maria, M., Azam, M., Henkes, A., Blokland. E.; [LCA5 Study Group: Andreasson, S., de Baere, E., Bennett, J., Chader, G. J., Berger, W., Golovleva, I., Greenberg, J., den Hollander, A. I., Klaver, C. C. W., Klevering, B. J., Lorenz, B., Preising, M. N., Ramesar, R., Roberts, L., Roepman, R., Rohrschneider, K., Wissinger, B.], Qamar, R., W
Magazine: Human Mutation
Auteur: Ajmal, M., Khan, M. I., Neveling, K., Khan, Y. M., Azam, M., Waheed, N. K., Hamel, C. P., Ben-Yosef, T., De Baere, E., Koenekoop, R. K., Collin, R. W. J., Qamar, R. & Cremers, F. P. M.
Magazine: Journal of Medical Genetics
Auteur: Khan, M. I., Ajmal, M., Micheal, S., Azam, M., Hussain, A., Shahzad, A., Venselaar, H., Bokhari, H., de Wijs, I. J., Hoefsloot, L. H. M., Waheed, N. K., Collin, R. W. J., den Hollander, A. I., Qamar, R. & Cremers, F.P.M.
Magazine: Clinical Genetics
Auteur: Littink, K. W., van Genderen, M. M., van Schooneveld, M. J., Visser, L., Riemslag, F. C., Keunen, J. E. E., Bakker, B., Zonneveld, M. N., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M. & van den Born, L. I.
Magazine: Ophthalmology
Auteur: Littink, K. W., Koenekoop, R. K., van den Born, L. I., Collin, R. W. J., Moruz, L., Veltman, J. A., Roosing, S., Zonneveld, M. N., Omar, A., Darvish, M., Lopez, I., Kroes, H. Y., van Genderen, M. M., Hoyng, C. B., Rohrschneider, K., van Schooneveld, M. J., Cremers, F. P. M. & den Hollander, A. I.
Magazine: Investigative Ophthalmology and Visual Science
Auteur: Roosing, S., Collin, R. W. J., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M. & Siemiatkowska, A. M.
Magazine: Journal of Medical Genetics
Auteur: Alejandro Estrada-Cuzcano, Kornelia Neveling, Susanne Kohl, Eyal Banin, Ygal Rotenstreich, Dror Sharon, Tzipora C. Falik-Zaccai, Stephanie Hipp, Ronald Roepman, Bernd Wissinger, Stef J.F. Letteboer, Dorus A. Mans, Ellen A.W. Blokland, Michael P. Kwint, Sabine J. Gijsen, Ramon A.C. van Huet, Rob W.J. Collin, H. Scheffer, Joris A. Veltman, Eberhart Zrenner, the European Retinal Disease Consortium, Anneke I. den Hollander, B. Jeroen Klevering, and Frans P.M. Cremers
Auteur: Ajmal, M., Khan, M. I., Micheal, S., Ahmed, W., Shah, A., Venselaar, H., Bokhari, H., Azam, A., Waheed, N. K., Collin, R. W. J., den Hollander, A. I., Qamar, R.& Cremers, F. P. M.
Magazine: Molecular Vision
Auteur: Bandah-Rozenfeld, D., Collin, R. W. J., Banin, E., van den Born, L. I., Coene, K. L. M., Siemiatkowska, A. M., Zelinger, L., Khan, M. I., Lefeber, D. J., Erdinest, I., Testa, F., Simonelli, F., Voesenek, K., Blokland, E. A. W., Strom, T. M., Klaver, C. C. W., Qamar, R., Banfi, S., Cremers, F. P. M., Sharon, D. & den Hollander, A. I.
Magazine: American Journal of Human Genetics
Auteur: Weegerink NJ, Schraders M, Oostrik J, Huygen PL, Strom TM, Granneman S, Pennings RJ, Venselaar H, Hoefsloot LH, Elting M, Cremers CW, Admiraal RJ, Kremer H, Kunst HP
Magazine: Journal of the Association for Research in Otolaryngology
Auteur: Yariz KO, Duman D, Seco CZ, Dallman J, Huang M, Peters TA, Sirmaci A, Lu N, Schraders M, Skromne I, Oostrik J, Diaz-Horta O, Young JI, Tokgoz-Yilmaz S, Konukseven O, Shahin H, Hetterschijt L, Kanaan M, Oonk AM, Edwards YJ, Li H, Atalay S, Blanton S, Desmidt AA, Liu XZ, Pennings RJ, Lu Z, Chen ZY, Kremer H, Tekin M
Magazine: The American Journal of Human Genetics
Auteur: Liu, Q., Collin, R. W. J., Cremers, F. P. M., den Hollander, A. I., van den Born, L. I. & Pierce, E. A.
Magazine: PLoS ONE
Auteur: Ajmal, M., Khan, M. I., Neveling, K., Tayyab, A., Jaffar, S., Sadeque, A., Ayub, H., Abbasi, N. M., Riaz, M, Micheal, S., Gilissen, C., Benish Ali, S. H., Azam, M., Collin, R. W. J., Cremers, F. P. M. & Qamar, R.
Magazine: Molecular Vision
Auteur: Schraders M, Ruiz-Palmero L, Kalay E, Oostrik J, del Castillo FJ, Sezgin O, Beynon AJ, Strom TM, Pennings RJ, Seco CZ, Oonk AM, Kunst HP, Domínguez-Ruiz M, García-Arumi AM, del Campo M, Villamar M, Hoefsloot LH, Moreno F, Admiraal RJ, del Castillo I, Kremer H
Magazine: American Journal of Human Genetics
Auteur: Littink, K. W., van den Born, L. I., Koenekoop, R. K., Collin, R. W. J., Zonneveld, M. N., Blokland, E. A., Khan, H., Theelen, T., Hoyng, C. B., Cremers, F. P. M., den Hollander, A. I. & Klevering, B. J.
Magazine: Ophthalmology
Auteur: Siemiatkowska, A. M., Astuti, G. D., Arimadyo, K., den Hollander, A. I., Faradz, S. M., Cremers, F. P. M. & Collin, R. W. J.
Magazine: Molecular Vision
Auteur: van Beelen E, Schraders M, Huygen PL, Oostrik J, Plantinga RF, van Drunen W, Collin RW, Kooper DP, Pennings RJ, Cremers CW, Kremer H, Kunst HP
Magazine: Hearing Research
Auteur: Alejandro Estrada-Cuzcano, Kornelia Neveling, Susanne Kohl, Eyal Banin, Ygal Rotenstreich, Dror Sharon, Tzipora C. Falik-Zaccai, Stephanie Hipp, Ronald Roepman, Bernd Wissinger, Stef J.F. Letteboer, Dorus A. Mans, Ellen A.W. Blokland, Michael P. Kwint, Sabine J. Gijsen, Ramon A.C. van Huet, Rob W.J. Collin, H. Scheffer, Joris A. Veltman, Eberhart Zrenner, the European Retinal Disease Consortium, Anneke I. den Hollander, B. Jeroen Klevering, Frans P.M. Cremers
Magazine: American Journal of Human Genetics
Auteur: *Maria, M., *Ajmal, M., *Azam, M., Waheed, N. K., Siddiqui, S.N., Mustafa, B., Ayub, H., Ali, L., Ahmad, S., Micheal, S., Hussain, A., Abbas Shah, S. T., Benish Ali, S. H., Ahmed, W., Khan, Y. M., den Hollander, A. I., Haer-Wigman, L., Collin, R. W. J., #Khan, M. I., #Qamar, R., #Cremers, F. P. M.
Magazine: PLoS ONE
Auteur: Kohl, S., Coppieters, F., Meire, F., Schaich, S., Roosing, S., Brennenstuhl, C., Bolz, S., van Genderen, M. M., Riemslag, F. C.; the European Retinal Disease Consortium (Ayuso, C., Banfi, S., Banin, E., Sharon, D., Ben-Yosef, T., Collin, R. W. J., Hamel, C., Inglehearn, C., Toomes, C., Koenekoop, R. K., Lopez, I., Leroy, B. P.), Lukowski, R., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M., De Baere, E., Hoyng, C. B. & Wissinger, B.
Magazine: American Journal of Human Genetics
Auteur: Ozgül, R. K., Siemiatkowska, A. M., Yucel, D., Myers, C. A., Collin, R. W. J., Zonneveld, M. N., Beryozkin, A., Banin, E., Hoyng, C. B., van den Born, L. I., Bose, R., Shen, W., Sharon, D., Cremers, F. P. M., Klevering, B. J., den Hollander, A. I. & Corbo, J. C.
Magazine: American Journal of Human Genetics
Auteur: Weegerink NJ, Huygen PL, Schraders M, Kremer H, Pennings RJ, Kunst HP
Magazine: Hearing Research
Auteur: Collin, R. W. J., den Hollander, A. I., van der Velde-Visser, S., Bennicelli, J., Bennett, J. & Cremers, F. P. M.
Magazine: Molecular Therapy Nucleic Acids
Auteur: Azam, M., Collin, R. W. J., Shah, S. T., Shah, A. A., Khan, M. I., Hussain, A., Sadeque, A., Strom, T. M., Thiadens, A. A. H. J., Roosing, S., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M. & Qamar R.
Magazine: Molecular Vision
Auteur: Peluso, I., Conte, I., Testa, F., Dharmalingam, G., Pizzo, M., Collin, R. W. J., Meola, N., Barbato, S., Mutarelli, M., Ziviello, C., Barbarulo, A. M., Nigro, V., Melone, M. A.; European Retinal Disease Consortium [De Baere, E., Koenekoop, R. K., Leroy, B. P., Cremers, F. P. M., Kohl, S., Hamel, C., Ayuso, C., Wissinger, B., Inglehearn, C., Toomes, C., den Hollander, A. I.], Simonelli, F. & Banfi, S.
Magazine: Orphanet Journal of Rare Diseases
Auteur: Collin, R. W. J., Nikopoulos, K., Dona, M., Gilissen, C., Hoischen, A., Boonstra, F. N., Poulter, J. A., Kondo, H., Berger, W., Toomes, C., Tahira, T., Mohn, L. R., Blokland, E. A., Hetterschijt, L., Ali, M., Groothuismink, J. M., Duijkers, L. E. M, Inglehearn, C. F., Sollfrank, L., Strom, T. M., Uchio, E., van Nouhuys, C. E., Kremer, H., Veltman, J. A., van Wijk, E. & Cremers, F. P. M.
Magazine: Proceedings of the National Academy of Sciences USA
Auteur: Estrada-Cuzcano, A., Koenekoop, R. K., Sénéchal, A., De Baere, E. B. W., de Ravel, T., Banfi, S., Kohl, S., Ayuso, C., Sharon, D., Hoyng, C. B., Hamel, C. P., Leroy, B. P., Ziviello, C., Lopez, I., Bazinet, A., Wissinger, B., Sliesoraityte, L., Avila-Fernandez, A., Littink, K.W., Vingolo, E. M., Signorini, S. Banin, E., Mizrahi-Meissonnier, L., Zrenner, E., Kellner, U., Collin, R. W. J., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M. & Klevering, B. J.
Magazine: Archives of Internal Medicine
Auteur: Bandah-Rozenfeld, D., Littink, K. W., Ben-Yosef, T., Strom, T. M., Chowers, I., Collin, R. W. J., den Hollander, A. I., van den Born, L. I., Zonneveld, M. N., Merin, S., Banin, E., Cremers, F. P. M. & Sharon, D.
Magazine: Investigative Ophthalmology and Visual Science
Auteur: Schraders M, Haas SA, Weegerink NJ, Oostrik J, Hu H, Hoefsloot LH, Kannan S, Huygen PL, Pennings RJ, Admiraal RJ, Kalscheuer VM, Kunst HP, Kremer H
Magazine: American Journal of Human Genetics
Auteur: Neveling, K., Collin, R. W. J., Gilissen, C., van Huet, R. A. C., Visser, L., Kwint, M. P., Gijsen, S. J., Zonneveld, M. N., Wieskamp, N., de, L. J., Siemiatkowska, A. M., Hoefsloot, L. H., Buckley, M. F., Kellner, U., Branham, K. E., Hollander, A. I., Hoischen, A., Hoyng, C., Klevering, B. J., van den Born, L. I., Veltman, J. A., Cremers, F. P. M. & Scheffer, H.
Magazine: Human Mutation
Auteur: Schrauwen I, Helfmann S, Inagaki A, Predoehl F, Tabatabaiefar MA, Picher MM, Sommen M, Seco CZ, Oostrik J, Kremer H, Dheedene A, Claes C, Fransen E, Chaleshtori MH, Coucke P, Lee A, Moser T, Van Camp G
Magazine: The American Journal of Human Genetics
Auteur: Siemiatkowska, A. M., Schuurs-Hoeijmakers, J. H., Bosch, D. G., Boonstra, F. N., Riemslag, F. C., Ruiter, M., de Vries, B. B. A., den Hollander, A. I., Collin, R. W. J. & Cremers, F. P. M.
Magazine: Jama Ophthalmology
Auteur: Khan, M. I., Azam, M., Ajmal, M., Collin, R. W. J., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M. & Qamar, R.
Magazine: Genes (Basel)
Auteur: van Huet, R. A., Collin, R. W. J., Siemiatkowska, A. M., Klaver, C. C. W., Hoyng, C. B., Simonelli, F., Khan, M. I., Qamar, R., Banin, E., Cremers, F. P. M., Theelen, T., den Hollander, A. I., van den Born, L. I., Klevering, B. J.
Magazine: Investigative Ophthalmological & Visual Sciences
Auteur: Collin, R. W. J., van den Born, L. I., Klevering, B. J., de Castro Miro, M., Littink, K. W., Arimadyo-Sulakso, K., Azam, M., Yazar, V., Zonneveld-Vrieling, M. N., Strom, T. M., Paun, C. C., Siemiatkowska, A. M., Hehir-Kwa, J. Y., Kroes, H. Y., de Faber, J.-T. H. N., van Schoonefeld, M., Heckenlively, J., Hoyng, C. B., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M.
Magazine: Investigative Ophthalmological & Visual Sciences
Auteur: Littink, K. W., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M. & Collin, R. W. J.
Auteur: Neveling, K., den Hollander, A. I., Cremers, F. P. M. & Collin, R. W. J.
Verslagen
Eindverslag
Erfelijke blindheid en erfelijke doofheid worden elk veroorzaakt door defecten in circa 100 verschillende genen. Gezamenlijk omvatten de mutaties in deze genen circa 50% van de genetische oorzaken. Wij concentreren ons op de grootste subgroepen, de zogenaamde recessieve sensorische ziekten. Voor de opsporing van additionele genen betrokken bij deze sensorische ziekten maken wij gebruik van twee complementaire technieken.
Op de eerste plaats zochten wij naar grote identieke segmenten in het DNA van aangedane personen. Indien er zich in deze gebieden een van de 100 genen bevinden die al eerder geassocieerd waren met dit ziektebeeld, dan werd er Sanger sequencing gedaan om de oorzakelijke mutaties op te sporen. Op deze wijze was het mogelijk de genetische oorzaak te vinden in circa 10% van de Nederlandse families met retinitis pigmentosa (RP) of erfelijke doofheid, en in circa 50% van de Pakistaanse families met RP en Turkse en Pakistaanse families met erfelijke doofheid.
Op de tweede plaats maken wij toenemend gebruik van een nieuwe, grootschalige sequentie-analyse techniek, genaamd next-generation sequencing (NGS). Met behulp van NGS kunnen we alle eiwit-coderende segmenten van alle 20.000 menselijke genen in een experiment analyseren.
Door beide technieken naast elkaar te gebruiken waren wij in staat mutaties te vinden in 2 genen (C8orf37, MAK) die niet eerder geassocieerd waren met RP. Tevens vonden wij oorzakelijke mutaties in het DNA van personen met niet-syndromale RP in 3 genen waarin eerder mutaties waren gevonden bij personen met syndromale RP, d.w.z. Usher syndroom type 3 (RP en erfelijke doofheid; CLRN1), Joubert syndroom (IQCB1), en Bardet-Biedl syndroom (BBS1.
Bij 20-30% van de personen met erfelijke doofheid vonden wij mutaties in GJB2. Door het opsporen van grote identieke stukken chromosoom en d.m.v. grootschalige DNA sequentie-analyses werden er 6 nieuwe genen ontdekt die betrokken zijn bij erfelijke doofheid.