CArP - CApture-based surveillance of Pathogens in complex matrices
Effectieve methoden voor het surveilleren van pathogenen zijn van essentieel belang om de volksgezondheid te beschermen en opkomende ziekten te voorkomen. Huidige methoden, zoals kweek-gericht sequencen, zijn te duur om alle klinisch relevante pathogenen te detecteren. Daarnaast missen kweek-vrije technieken de specificiteit en gevoeligheid die cruciaal zijn voor het opsporen van pathogenen in lage hoeveelheden. Daarom is er een verbeterde sequencing methode nodig om deze gemiste pathogenen te detecteren, aangezien ze een bedreiging vormen voor de volksgezondheid.
Doel
Het project streeft naar verbetering van de huidige methoden door de ontwikkeling van een flexibele, betaalbare en eenvoudig toepasbare methode voor het opsporen van ziekteverwekkers.
Resultaten
Voor een effectieve monitoring van ziekteverwekkers is een nieuwe methode ontwikkeld die gebruikmaakt van capture-technologie en long-read sequencing. Hierbij dienen genen die antibioticaresistentie (AMR) veroorzaken als indicator voor de aanwezigheid van schadelijke bacteriën. Veel ziekteverwekkers dragen zulke AMR-genen, waardoor ze goed te herkennen zijn. De methode maakt het mogelijk om bacteriën met resistentie tegen belangrijke antibiotica, zoals macroliden en quinolonen, op te sporen. Ook als ze in lage aantallen aanwezig zijn en anders onopgemerkt blijven. Hoewel de techniek nog in ontwikkeling is, onderstreept dit project het belang van innovatieve methoden voor vroege opsporing van ziekteverwekkers.