Control of chromosome architecture by nuclear lamins: role in laminopathies.

In elke cel van ons lichaam zit 2 meter DNA verpakt in een bolvormige celkern van ca 0,01mm diameter. Het is nog grotendeels onduidelijk hoe dit DNA opgevouwen is. Er zijn aanwijzingen dat het DNA opgehangen is aan de kern-lamina, een eiwitschil die de wand van de celkern vormt. De lamina bestaat voor een groot deel uit eiwitten genaamd lamines. Mutaties in één van deze lamines (Lamine A) veroorzaken meer dan tien verschillende genetische ziektes, genaamd laminopathieën, met ernstige symptomen zoals voortijdige veroudering (progeria), spierdystrofie, en hartfalen. In dit project onderzoeken we hoe Lamine A betrokken is bij het ophangen van het DNA in de celkern, hoe mutaties dit proces kunnen verstoren, en hoe dit kan leiden tot defecten in gen-regulatie en reparatie van DNA. Dit project versterkt onze fundementele kennis van de opvouwing van DNA, en draagt tegelijkertijd bij aan het beter begrijpen van laminopathieën. 

Producten

Titel: Mapping Chromosome Organization
Auteur: Nadine Boke, Bas van Steensel, Sandra de Vries.
Link: https://www.youtube.com/watch?v=6k5pvkCwub4
Titel: Genome-wide Maps of Nuclear Lamina Interactions in Single Human Cells.
Auteur: Kind J, Pagie L, de Vries SS, Nahidiazar L, Dey SS, Bienko M, Zhan Y, Lajoie B, de Graaf CA, Amendola M, Fudenberg G, Imakaev M, Mirny LA, Jalink K, Dekker J, van Oudenaarden A, van Steensel B.
Magazine: Cell
Titel: Easy quantification of template-directed CRISPR/Cas9 editing
Auteur: Brinkman, Eva Karina, Nedergaard Kousholt, Arne, Harmsen, Tim, Leemans, Christ, Chen, Tao, Jonkers, Jos, van Steensel, Bas
Magazine: BioRxiv
Link: https://www.biorxiv.org/content/early/2017/11/13/218156
Titel: A single double-strand break system reveals repair dynamics and mechanisms in heterochromatin and euchromatin
Auteur: Janssen, Aniek, Breuer, Gregory A., Brinkman, Eva K., van der Meulen, Annelot I., Borden, Sean V., van Steensel, Bas, Bindra, Ranjit S., LaRocque, Jeannine R., Karpen, Gary H.
Magazine: Genes and Development
Link: http://genesdev.cshlp.org/content/30/14/1645.long
Titel: Easy quantitative assessment of genome editing by sequence trace decomposition.
Auteur: Eva K. Brinkman, Tao Chen, Mario Amendola and Bas van Steensel
Titel: Mapping 3D genome organization relative to nuclear compartments using TSA-Seq as a cytological ruler
Auteur: Chen, Yu, Zhang, Yang, Wang, Yuchuan, Zhang, Liguo, Brinkman, Eva K., Adam, Stephen A., Goldman, Robert, van Steensel, Bas, Ma, Jian, Belmont, Andrew S.
Magazine: Journal of Cell Biology
Titel: Kinetics and Fidelity of the Repair of Cas9-Induced Double-Strand DNA Breaks
Auteur: Brinkman, Eva K., Chen, Tao, de Haas, Marcel, Holland, Hanna A., Akhtar, Waseem, van Steensel, Bas
Magazine: Molecular Cell
Titel: Quantitative Analysis Shows That Repair Of Cas9-Induced Double-Strand DNA Breaks Is Slow And Error-Prone
Auteur: Brinkman, Eva Karina, Chen, Tao, de Haas, Marcel, Holland, Hanna Aleida, Akhtar, Waseem, van Steensel, Bas
Magazine: BioRxiv
Link: https://www.biorxiv.org/content/early/2017/05/26/142802
Titel: Massive reshaping of genome–nuclear lamina interactions during oncogene-induced senescence
Auteur: Lenain, Christelle, de Graaf, Carolyn A., Pagie, Ludo, Visser, Nils L., de Haas, Marcel, de Vries, Sandra S., Peric-Hupkes, Daniel, van Steensel, Bas, Peeper, Daniel S.
Magazine: Genome Research
Link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5630027/
Titel: A short guide to technology development in cell biology.
Auteur: van Steensel B.
Magazine: Journal of Cell Biology
Titel: Easy quantitative assessment of genome editing by sequence trace decomposition.
Auteur: Brinkman EK, Chen T, Amendola M, van Steensel B.
Magazine: Nucleic Acids Research
Titel: RAPID AND EASY QUANTITATIVE ASSESSMENT OF GENOME EDITING
Auteur: Eva K. Brinkman, Tao Chen, Bas van Steensel
Link: http://tide.nki.nl
Titel: Exclusieve licentie TIDE/TIDER software
Auteur: Nederlands Kanker Instituut / Desktop Genetics

Kenmerken

Projectnummer:
91211061
Looptijd: 100%
2012
2017
Gerelateerde programma's:
Gerelateerde subsidieronde:
Projectleider en penvoerder:
Prof. dr. B. van Steensel
Verantwoordelijke organisatie:
Nederlands Kanker Instituut