Every cell counts: single cell RNA-seq of biopsies to uncover disease and cell specific expression effects

Elke cel telt. Van immuun-gemedieerde darmziekten zoals coeliakie en inflammatoire darmziektes is bekend dat afwijkingen in het DNA bijdragen aan de ziekte. Deze afwijkingen in het DNA manifesteren zichzelf alleen in bepaalde soorten afweercellen. Het is belangrijk om de effecten van DNA variatie te bestuderen in de afweercellen die betrokken zijn bij het ziekteproces. Vaak weet men echter niet welke afweercellen de grootste rol spelen. Daarnaast kunnen deze cellen alleen maar worden verkregen via een weefselbiopt waarin zich een complex mengsel van vele verschillende soorten cellen bevindt.

Ik heb een methode ontwikkeld waarmee ik celtype specifieke effecten van DNA variatie kan bepalen. Ik zal deze methode toepassen op afweercellen in darmbiopten van patiënten met de eerder genoemde darmaandoeningen. Als bekend is welke afweercellen zijn aangedaan kunnen gerichtere therapieën voor deze ziekten worden ontwikkeld.