High-throughput medical resequencing of candidate disease genes and genomic regions

Het doel van dit project was om high-throughput DNA sequencing methodes op te zetten voor onderzoek naar en de diagnostiek van genetische ziekten. Dit is van groot belang omdat er nog veel ziekten zijn waarvan we de genetische oorzaak niet kennen en het daarnaast is er grote behoefte aan betere en snellere genetische diagnostiek, met name voor ziekten die veroorzaakt kunnen worden door mutaties in meerdere genen. We hebben hiervoor methodes geoptimaliseerd om in 1 enkel experiment van meerdere genen of genoomregionen het DNA te kunnen verrijken en vervolgens te analyseren middels de voor dit project aangeschafte next generation sequencing (NGS) apparatuur. Na optimalisatie hebben we deze methode succesvol toegepast in het genetisch onderzoek naar de volgende aandoeningen: verstandelijke handicap, erfelijke blindheid, en chronische infecties. Dit heeft geleid tot de identificatie van 4 nieuwe ziektegenen en een aantal nieuwe kandidaat ziektegenen. Daarnaast hebben we onderzocht of deze methodes ook in de routine diagnostiek ingezet kunnen worden en wat de voor- en nadelen van deze methodes zijn. We konden concluderen dat deze methodologie heel goed toepasbaar is in de diagnostiek maar dat het beter is te komen tot een methode waarbij in een experiment alle genen onderzocht worden en per ziekte een specifieke analyse van de verkregen data uitgevoerd kan worden. Deze nieuwe methode, exoom sequencing genaamd, bieden we sinds September 2011 aan voor de diagnose van genetisch heterogene aandoeningen als een van de eersten in de wereld. Dit onderzoek heeft daarmee een zeer succesvol implementatie traject achter de rug en is nu ingebed in het genetisch onderzoek en de diagnostiek.