Mobiele menu

From molecular pathogenesis studies to evaluation of control measures: a systems biology approach to the use of next generation sequencing for emerging viral diseases

Projectomschrijving

Unieke samenwerking

Kennis over pathogenen, hun verspreiding en ziekmakend vermogen is nodig voor effectieve diagnostiek, behandeling en bestrijding. Bij nieuw opduikende infectieziekten is deze kennis gewoonlijk versnipperd en te laat beschikbaar. In een unieke samenwerking tussen (medische en veterinaire) klinische, fundamentele en public health onderzoekers maken we in dit project gebruik van de razendsnelle toename van mogelijkheden voor next generation sequencing (NGS).

Genetische kenmerken

We stellen fundamentele vragen over relaties tussen genetische kenmerken van (nieuwe) orthomyxovirussen, calicivirussen en coronavirussen en het gebruik daarvan voor het voorspellen van gastheer tropisme, virulentie en transmissie.

Effectieve respons

Ons doel is de analysemogelijkheden van NGS data zo te ontwikkelen dat deze gebruikt kunnen worden voor een effectieve respons tijdens uitbraken. Potentiële gebruikers worden nauw betrokken zodat zij de uitkomsten daadwerkelijk zullen kunnen en willen gebruiken.

Relevante links

Producten

Titel: Detection of Circovirus in Foxes with Meningoencephalitis, United Kingdom, 2009–2013
Auteur: Bexton, Steve, Wiersma, Lidewij C., Getu, Sarah, van Run, Peter R., Verjans, Georges M.G.M., Schipper, Debby, Schapendonk, Claudia M.E., Bodewes, Rogier, Oldroyd, Lucy, Haagmans, Bart L., Koopmans, Marion M.P., Smits, Saskia L.
Magazine: Emerging Infectious Diseases
Titel: Metagenomic Sequencing for Surveillance of Food- and Waterborne Viral Diseases
Auteur: Nieuwenhuijse, David F., Koopmans, Marion P. G.
Magazine: Frontiers in Microbiology, section Infectious Diseases
Link: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2017.00230/full
Titel: Overview of Virus Metagenomic Classification Methods and Their Biological Applications
Auteur: Nooij, Sam, Schmitz, Dennis, Vennema, Harry, Kroneman, Annelies, Koopmans, Marion P. G.
Magazine: Frontiers in Microbiology, section Infectious Diseases
Titel: Newly identified virusesin human gastroenteritis
Auteur: Smits, Saskia L., Osterhaus, Albert D.M.E., Koopmans, Marion P.
Magazine: Journal of Pediatrics
Titel: Whole-Genome Next-Generation Sequencing to Study Within-Host Evolution of Norovirus (NoV) Among Immunocompromised Patients With Chronic NoV Infection
Auteur: van Beek, Janko, de Graaf, Miranda, Smits, Saskia, Schapendonk, Claudia M E, Verjans, Georges M G M, Vennema, Harry, van der Eijk, Annemiek A, Phan, My V T, Cotten, Matthew, Koopmans, Marion
Magazine: Journal of Infectious Diseases
Link: https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jix520/4259310
Titel: Next-generation sequencing and norovirus
Auteur: Cotten, Matthew, Koopmans, Marion
Magazine: Future Virology
Titel: Genotypic anomaly in Ebola virus strains circulating in Magazine Wharf area, Freetown, Sierra Leone, 2015
Auteur: Smits, Saskia L, Pas, Suzan D, Reusken, Chantal B, Haagmans, Bart L, Pertile, Peirro, Cancedda, Corrado, Dierberg, Kerry, Wurie, Isata, Kamara, Abdul, Kargbo, David, Caddy, Sarah L, Arias, Armando, Thorne, Lucy, Lu, Jia, Jah, Umaru, Goodfellow, Ian, Koopmans, Marion P
Magazine: Eurosurveillance
Titel: Assembly of viral genomes from metagenomes
Auteur: Smits, Saskia L., Bodewes, Rogier, Ruiz-Gonzalez, Aritz, Baumgärtner, Wolfgang, Koopmans, Marion P., Osterhaus, Albert D. M. E., Schürch, Anita C.
Magazine: Frontiers in Microbiology, section Infectious Diseases
Titel: Recovering full-length viral genomes from metagenomes
Auteur: Smits, Saskia L., Bodewes, Rogier, Ruiz-González, Aritz, Baumgärtner, Wolfgang, Koopmans, Marion P., Osterhaus, Albert D. M. E., Schürch, Anita C.
Magazine: Frontiers in Microbiology, section Infectious Diseases
Titel: Norovirus Infection in Harbor Porpoises
Auteur: de Graaf, Miranda, Bodewes, Rogier, van Elk, Cornelis E., van de Bildt, Marco, Getu, Sarah, Aron, Georgina I., Verjans, Georges M.G.M., Osterhaus, Albert D.M.E., van den Brand, Judith M.A., Kuiken, Thijs, Koopmans, Marion P.G.
Magazine: Emerging Infectious Diseases
Titel: Case of seasonal reassortant A(H1N2) influenza virus infection, the Netherlands, March 2018
Auteur: Meijer, Adam, Swaan, Corien M, Voerknecht, Martin, Jusic, Edin, van den Brink, Sharon, Wijsman, Lisa A, Voordouw, Bettie CG, Donker, Gé A, Sleven, Jacqueline, Dorigo-Zetsma, Wendelien W, Svraka, Sanela, van Boven, Michiel, Haverkate, Manon R, Timen, Aura, van Dissel, Jaap T, Koopmans, Marion PG, Bestebroer, Theo M, Fouchier, Ron AM
Magazine: Eurosurveillance
Titel: Pathogenesis of Middle East respiratory syndrome coronavirus
Auteur: van den Brand, Judith MA, Smits, Saskia L, Haagmans, Bart L
Magazine: Journal of Pathology
Titel: Isolation of MERS Coronavirus from a Dromedary Camel, Qatar, 2014
Auteur: Raj, V. Stalin, Farag, Elmoubasher A.B.A., Reusken, Chantal B.E.M., Lamers, Mart M., Pas, Suzan D., Voermans, Jolanda, Smits, Saskia L., Osterhaus, Albert D.M.E., Al-Mawlawi, Naema, Al-Romaihi, Hamad E., AlHajri, Mohd M., El-Sayed, Ahmed M., Mohran, Khaled A., Ghobashy, Hazem, Alhajri, Farhoud, Al-Thani, Mohamed, Al-Marri, Salih A., El-Maghraby, Mamdouh M., Koopmans, Marion P.G., Haagmans, Bart L.
Magazine: Emerging Infectious Diseases
Titel: Reliable typing of MERS-CoV variants with a small genome fragment
Auteur: Smits, Saskia L., Raj, V. Stalin, Pas, Suzan D., Reusken, Chantal B.E.M., Mohran, Khaled, Farag, Elmoubasher A.B.A., Al-Romaihi, Hamad E., AlHajri, Mohd M., Haagmans, Bart L., Koopmans, Marion P.
Magazine: Journal of Clinical Virology
Titel: New Viruses in Idiopathic Human Diarrhea Cases, the Netherlands
Auteur: Smits, Saskia L., Schapendonk, Claudia M.E., van Beek, Janko, Vennema, Harry, Schürch, Anita C., Schipper, Debby, Bodewes, Rogier, Haagmans, Bart L., Osterhaus, Albert D. M. E., Koopmans, Marion P.
Magazine: Emerging Infectious Diseases
Titel: Spatiotemporal Analysis of the Genetic Diversity of Seal Influenza A(H10N7) Virus, Northwestern Europe
Auteur: Bodewes, Rogier, Zohari, Siamak, Krog, Jesper S., Hall, Matthew D., Harder, Timm C., Bestebroer, Theo M., van de Bildt, Marco W. G., Spronken, Monique I., Larsen, Lars E., Siebert, Ursula, Wohlsein, Peter, Puff, Christina, Seehusen, Frauke, Baumgärtner, Wolfgang, Härkönen, Tero, Smits, Saskia L., Herfst, Sander, Osterhaus, Albert D. M. E., Fouchier, Ron A. M., Koopmans, Marion P., Kuiken, Thijs
Magazine: Journal of Virology
Titel: Virus genomes reveal factors that spread and sustained the Ebola epidemic
Auteur: Dudas, Gytis, Carvalho, Luiz Max, Bedford, Trevor, Tatem, Andrew J., Baele, Guy, Faria, Nuno R., Park, Daniel J., Ladner, Jason T., Arias, Armando, Asogun, Danny, Bielejec, Filip, Caddy, Sarah L., Cotten, Matthew, D’Ambrozio, Jonathan, Dellicour, Simon, Di Caro, Antonino, Diclaro, Joseph W., Duraffour, Sophie, Elmore, Michael J., Fakoli, Lawrence S., Faye, Ousmane, Gilbert, Merle L., Gevao, Sahr M., Gire, Stephen, Gladden-Young, Adrianne, Gnirke, Andreas, Goba, Augustine, Grant, Donald S., Haa
Magazine: Nature
Titel: Exploring the Potential of Next-Generation Sequencing in Detection of Respiratory Viruses
Auteur: Prachayangprecha, S., Schapendonk, C. M. E., Koopmans, M. P., Osterhaus, A. D. M. E., Schurch, A. C., Pas, S. D., van der Eijk, A. A., Poovorawan, Y., Haagmans, B. L., Smits, S. L.
Magazine: Journal of Clinical Microbiology
Titel: Molecular surveillance of norovirus, 2005–16: an epidemiological analysis of data collected from the NoroNet network
Auteur: van Beek, Janko, de Graaf, Miranda, Al-Hello, Haider, Allen, David J, Ambert-Balay, Katia, Botteldoorn, Nadine, Brytting, Mia, Buesa, Javier, Cabrerizo, Maria, Chan, Martin, Cloak, Fiona, Di Bartolo, Ilaria, Guix, Susana, Hewitt, Joanne, Iritani, Nobuhiro, Jin, Miao, Johne, Reimar, Lederer, Ingeborg, Mans, Janet, Martella, Vito, Maunula, Leena, McAllister, Georgina, Niendorf, Sandra, Niesters, Hubert G, Podkolzin, Alexander T, Poljsak-Prijatelj, Mateja, Rasmussen, Lasse Dam, Reuter, Gábor, Tuit
Magazine: Lancet Infectious Diseases
Titel: Virology and the anthropocene.
Auteur: H. Zwart
Titel: Virus novels and the Anthropocene (Kelly Lecture)
Auteur: H. Zwart
Titel: Ethical aspects of virology: spill-over between virology and genres of the imagination. Antigone (Anticipating the global onset of novel epidemics FP 7) 4th One-Health Course
Auteur: H. Zwart
Titel: Influenza virus population characterization of serial upper and lower respiratory tract samples from mechanically ventilated patients
Auteur: M. de Jong
Titel: Ethical aspects of virology: spill-over between virology and virus novels.
Auteur: H. Zwart

Verslagen


Samenvatting van de aanvraag

Naar schatting 75% van de nieuwe infectieziekten in mensen vinden hun oorsprong in dieren, waarbij RNA virussen een prominente plaats innemen als verwekkers. Recente voorbeelden zijn aviaire influenzavirussen, nieuwe coronavirussen (SARS, MERS), en nieuwe norovirussen. Fundamentele kennis over deze pathogenen, hun verspreiding, en ziekmakend vermogen is nodig voor effectieve (evidence-based) diagnostiek, behandeling en bestrijding, maar bij nieuw opduikende infectieziekten is deze kennis gewoonlijk versnipperd en te laat beschikbaar. Dit project beschrijft een unieke samenwerking tussen (medische en veterinaire) klinische, fundamentele en public health onderzoekers, gebruikmakend van razendsnelle toename van mogelijkheden voor sequencing (next generation sequencing [NGS]). Fundamentele vragen over relaties tussen genetische kenmerken van (nieuwe) orthomyxovirussen, calicivirussen en coronavirussen en het gebruik daarvan voor het voorspellen van gastheer tropisme, virulentie en transmissie worden hierbij centraal gesteld, met daarbij de opdracht om NGS en analysemogelijkheden van NGS data zodanig te ontwikkelen dat de nieuw opgedane kennis tijdig gebruikt kan worden voor een effectieve respons tijdens uitbraken. Tevens onderzoeken we verwachtingen van gebruikers ten aanzien van deze nieuwe benadering en hieruit voortvloeiende kennis om ervoor te zorgen dat zij uitkomsten in de toekomst ook daadwerkelijk zullen kunnen en willen gebruiken.

Onderwerpen

Kenmerken

Projectnummer:
91213058
Looptijd: 100%
Looptijd: 100 %
2014
2018
Onderdeel van programma:
Gerelateerde subsidieronde:
Projectleider en penvoerder:
Prof. dr. M.P.G. Koopmans
Verantwoordelijke organisatie:
Erasmus MC