Mobiele menu

A novel approach to understanding how DNA variants cause disease

Projectomschrijving

Nieuwe mogelijkheden voor behandeling

Het goed begrijpen van veelvoorkomende ziekten kan helpen bij het komen tot nieuwe mogelijkheden voor behandeling. In dit
onderzoeksproject is onderzocht wat er in de cellen van het lichaam misgaat door te kijken of de RNA activiteit in cellen van
mensen onderling verschilt als zij een verschillend genetisch risico hebben om zo'n ziekte te krijgen.

Genen systematisch te actief of te weinig actief

Door een internationale samenwerking hebben de onderzoekers dit kunnen bestuderen in een groep van ruim 30.000 mensen. Hieruit bleken voor
tientallen veelvoorkomende ziekten dat specifieke groepen van genen systematisch te actief of te weinig actief waren. Dit biedt
aanknopingspunten voor toekomstig onderzoek: is het mogelijk de activiteit van deze genen te corrigeren, en terug te brengen
naar hun normale niveaus', en kun je daarmee misschien dan ook ziekte te behandelen of misschien te voorkomen?

Verslagen


Samenvatting van de aanvraag

Since 2005, genome-wide association studies (GWAS) have identified over 10,000 genetic risk variants (SNPs), associated to hundreds of diseases. Many of the risk-SNPs point to genes and pathways not previously known to play a role in the disease of interest. This is both an advantage – as it generates new hypotheses – but also a disadvantage, since the majority of risk-SNPs have small effect sizes, making it challenging to devise experiments aimed at elucidating the disease mechanisms. I hypothesize that, for most diseases, the individual risk SNPs converge on a limited number of downstream genes and pathways that confer the susceptibility to disease. Identification of these key genes and disease pathways provides an excellent starting point for understanding the general and disease-specific mechanisms involved in individual diseases. The aim of my proposal is to: (1) develop and apply novel statistical methods to functional genomics datasets to identify the downstream genes and pathways that are affected by risk-SNPs, (2) identify the tissues/cells that show these molecular effects, and (3) identify the key genes and key pathways on which the majority of risk-SNPs converge. This project is given direction by two developments by my research group: (1) the collection and integration of large ‘omics’ datasets that are now (publicly) available, and (2) the experience that I have built up in developing statistical frameworks for identifying the downstream consequences of risk-SNPs using such datasets. I will obtain proof-of-concept by applying my methods to autoimmune diseases (disorders for which many risk-SNPs have been identified and for which considerable amounts of informative ‘omics’ datasets are available). With my research I will be able to reveal previously unknown cell-types and genes involved in disease, as a first step towards elucidating disease mechanisms. The key genes identified may provide leads for pharmaceutical intervention.

Onderwerpen

Kenmerken

Projectnummer:
91714374
Looptijd: 100%
Looptijd: 100 %
2015
2020
Gerelateerde subsidieronde:
Projectleider en penvoerder:
Dr. L.H. Franke
Verantwoordelijke organisatie:
Universitair Medisch Centrum Groningen