Quantifying the complex drivers of antibiotic resistance transfer by reusing (meta-) genomic databases
Bacteriële infecties zijn steeds moeilijker te behandelen door de toenemende resistentie van bacteriën tegen antibiotica. De genen verantwoordelijk voor deze resistentie worden uitbundig gedeeld tussen bacteriën.
Door de wereldwijde verspreiding van deze genen in kaart te brengen kunnen mogelijkheden voor interventie worden geïdentificeerd en daarmee spreiding van resistentie geminimaliseerd.
In dit project zal de enorme hoeveelheid bacteriële genoom- en metagenoomdata worden gebruikt die in de afgelopen decennia is verzameld en beschikbaar is in publieke databases. Zo zal worden onderzocht welke bacteriën een rol spelen in de verspreiding van resistentiegenen, hoe deze genen circuleren tussen onze omgeving, ons voedsel, en ziekenhuizen, en hoe de genen de wereld over reizen tussen verschillende landen en steden. Kunstmatige intelligentie zal worden ingezet om te evalueren wat de bijdrage is van deze verschillende factoren op het verspreidingsproces.
Producten
Link: https://github.com/rickbeeloo/Interpretzel/tree/master
Link: https://github.com/rickbeeloo/Interpretzel/tree/master
Link: https://github.com/mgxlab/Graphite
Auteur: Rick Beeloo
Link: https://www.canva.com/design/DAGBVw2sLYo/g3Fmy8Ui7-fjEJVFu1K-Mg/view?utm_content=DAGBVw2sLYo&utm_campaign=designshare&utm_medium=link&utm_source=editor
Auteur: Rick Beeloo
Link: https://www.canva.com/design/DAGBVw2sLYo/g3Fmy8Ui7-fjEJVFu1K-Mg/view?utm_content=DAGBVw2sLYo&utm_campaign=designshare&utm_medium=link&utm_source=editor
Link: https://github.com/MGXlab/Graphite
Auteur: Rick Beeloo, Aldert L. Zomer, Bas E. Dutilh
Magazine: BioRXiv Preprint Server for Biology
Link: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.08.561343
Auteur: Rick Beeloo, Aldert L. Zomer, Bas E. Dutilh
Magazine: Nog preprint (bioRxiv)
Link: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.08.561343v1