SOLIDNESS: Surveillance Of mobiLome meDiated aNtibiotic rEsiStance Spread

Mobiele genetische elementen (MGE's) zijn DNA-moleculen bevatten genen die belangrijk zijn voor de fitheid van een micro-organisme. Deze omvatten resistentie- en virulentiegenen, die de bacteriën een adaptief voordeel kunnen geven ten opzichte van andere bacteriën. MGE's spelen een centrale rol bij horizontale genoverdracht en behoren tot de belangrijkste oorzaken van antibioticaresistentie- en virulentieverspreiding. Een dergelijke verspreiding is een grote zorg voor belanghebbenden in de gezondheidszorg en een uitdaging voor degenen die zich bezighouden met het voorkomen van de verspreiding van antibioticaresistente en/of virulente bacteriën, zoals carbapenemase-producerende Enterobacteriaceae en shigatoxine-producerende Escherichia coli (STEC). 

Moleculaire karakterisering van MGE's is essentieel voor een beter begrip van deze moleculen en hun verspreiding. Beiden zijn nodig voor een optimale monitoring van bacteriën die resistentie- en virulentiegenen bevatten. Hiervoor worden vaak sequentieanalysetechnieken gebruikt. De sequencing-protocollen en daaropvolgende bioinformatica-programma's die worden gebruikt om MGE's te karakteriseren, kunnen de uiteindelijke resultaten en hun interpretatie aanzienlijk beïnvloeden. 

Doel

Het hoofddoel van het SOLDINESS-netwerk was het opzetten van een Europees netwerk van uitmuntendheid voor surveillance van door mobiele genetische elementen (MGE) gemedieerde verspreiding van antibioticaresistentie. Om dit in kaart te brengen zijn binnen het consortium meerdere onderzoeken uitgevoerd, waaronder een ringonderzoek.

(Verwachte) resultaten

Bij het karakteriseren van MGE's moeten onderzoekers de kosten/doorlooptijd en de nauwkeurigheid afwegen van de resultaten. Short-read sequencing is een beproefde methode die kleine MGE's kan met hoge nauwkeurigheid opleveren. Long-read sequencing is sneller en kan grotere plasmiden opleveren, maar met lagere precisie. Daarom is de kans groter dat hybride assemblages de assemblages produceren die zullen alle MGE's van een bepaalde stam bevatten. Omdat wet-lab procedures (bijvoorbeeld bibliotheekvoorbereiding, type gebruikte sequencer, menselijke factoren) en bio-informatica-instrumenten (die worden gebruikt voor data-analyses) een aanzienlijke invloed hebben op de (kwaliteit van de) eindresultaten en hun interpretatie, is er een verdere standaardisatie nodig die beide instrumenten zal voorzien van betrouwbare detectie, karakterisering en surveillance van MGE's.