Voorspelling van niche adaptatie door Campylobacter met behulp van CRISPR spacers en targets

Campylobacter is de meest voorkomende oorzaak van gastro-enteritis. De meeste infecties hebben als bron besmette kip, maar kunnen niet worden verklaard door overdracht via voedsel alleen. Campylobacter wordt aangetroffen in verschillende dieren en water, waar het bacteriële DNA wordt bedreigd door het binnendringen van DNA van andere micro-organismen, bacteriofagen of plasmiden. Zoals veel bacteriesoorten, heeft Campylobacter een adaptief immuunsysteem (CRISPR-Cas) dat het DNA beschermt tegen deze bedreiging, door binnendringend DNA te herkennen en onschadelijk te maken.

Aanpak/werkwijze

Omdat bacteriofagen en plasmiden vaak specifiek zijn voor een bepaalde bron, biedt CRISPR de mogelijkheid om de spacers te koppelen aan die bron. Binnen PINNACLE onderzoeken we hoe de CRISPR-dynamiek verband houdt met aanpassing aan omgevingen. 

(Verwachte) resultaten

Met de resultaten kunnen betere schattingen gemaakt worden van de (milieu-)bronnen van Campylobacter, wat nieuwe interventies om de ziektelast te verminderen mogelijk maakt.