Achtergrond afbeelding Achtergrond afbeelding darkmode

Monitoring the evolution, spread and transmission of SARS-CoV-2 through whole genome sequencing to enable fast genotype to phenotype prediction

Tijdens dit project heeft dit project de evolutie en de verspreiding van SARS-CoV-2 (het virus dat COVID-19 veroorzaak) in Nederland in kaart gebracht. Ze hebben deze informatie gebruikt in verschillende fases van de pandemie: in de eerste fase hebben ze dit gebruikt om de omvang van de pandemie in Nederland in te schatten, daarna hebben ze de evolutie van het virus in nertsen in kaart gebracht en getracht de verspreiding van het virus tussen nertsenboerderijen in te dammen. In een latere fase van de pandemie keken ze naar herinfecties en hoe het virus veranderde in patiënten die gedurende lange tijd met SARS-CoV-2 waren geïnfecteerd. Gezamenlijk hebben deze bevindingen bijgedragen aan het vergroten van de kennis met betrekking tot het verloop van de pandemie en kunnen deze resultaten gebruikt worden om beter voorbereid te zijn op toekomstige varianten. Ook kunnen de resultaten zorgen dat er een snellere vertaalslag tussen de bevindingen in het lab en de mogelijk impact van deze bevindingen gemaakt kan worden.

Verslagen


Eindverslag

Tijdens dit project hebben we de evolutie en de verspreiding van SARS-CoV-2 in Nederland in kaart gebracht. We hebben deze informatie gebruikt in verschillende fases van de pandemie: in de eerste fase hebben we dit gebruikt om de omvang van de pandemie in Nederland in te schatten, daarna hebben we de evolutie van het virus in nertsen in kaart gebracht en getracht de verspreiding van het virus tussen nertsenboerderijen in te dammen. In de huidige fase van de pandemie kijken we naar herinfecties en virale evolutie in patiënten die gedurende lange tijd met SARS-CoV-2 zijn geïnfecteerd. Gezamenlijk hebben deze bevindingen bijgedragen aan het vergroten van onze kennis met betrekking tot het verloop van de pandemie en kunnen deze resultaten gebruikt worden om beter voorbereid te zijn op toekomstige varianten en een snellere vertaalslag tussen de bevindingen in het lab en de mogelijk impact van deze bevindingen te bepalen.
Sinds de start van het project zijn er inmiddels vele samples succesvol gesequenced. Deze worden al sinds februari 2020 gepubliceerd op de internationale online databank GISAID en Nextstrain. Hierop is te zien waar de relaties liggen in de ‘familieleden’ van het virus en hoe de geografische verspreiding van de ‘familie’ er uitziet. Het genetische virusonderzoek maakt het zo mogelijk om epidemieën in kaart te brengen en te achterhalen waar een virus vandaan komt. Deze bijna real-time monitoring maakt het mogelijk om in geval van opmerkelijke genetische veranderingen snel te kunnen reageren. De genetische veranderingen zijn op dit moment nog beperkt maar in geval van opmerkelijke signalen op basis van de genetische informatie zal dit worden gebruikt voor een snelle genotype naar fenotype typering. Daarnaast biedt dit ook een referentiedatabank voor onderzoek naar uitbraken in de gemeenschap. Deze hebben we onder meer gebruikt om uitbraken in verpleegtehuizen, ziekenhuizen, slachthuizen, (sport)scholen, familieclusters en in nertsen bedrijven te duiden. Verschillende mutaties zijn gevonden die invloed kunnen hebben op de virulentie, de pathogeniciteit en de werkzaamheid van diagnostische testen. De relevantie van die mutaties wordt verder onderzocht.

Snel naar

  • COVID-19
  • Corona
  • Verspreiding

    • Kenmerken

    • Projectnummer:
      10150062010005
    • Looptijd: 100%
      2020
      2022
    • Gerelateerde programma's:
    • Gerelateerde subsidieronde:
      Incidentiële subsidie COVID-19
    • Projectleider en penvoerder:
      Prof. dr. M.P.G. Koopmans
    • Verantwoordelijke organisatie:
      Erasmus MC