Modelling sex-linked differences in neurodevelopmental disorders caused by chromatin modifiers using iPSC-derived model systems for brain development

Een groot aantal aandoeningen kenmerkt zich door sekse-specifieke verschillen. Waarom symptomen tussen mannen en vrouwen verschillen is niet duidelijk, en wordt zelden onderzocht. Voor meerdere neuronale ontwikkeling stoornissen die een genetische oorsprong hebben is dit ook zo. Omdat deze aandoeningen zich al vroeg in het leven presenteren, is het onwaarschijnlijk dat hormonen een rol spelen, maar wat dan wel de oorzaak is blijft vooralsnog onduidelijk. Hier focussen wij op het SETD1B syndroom, gekenmerkt door verstandelijke beperking, gedragsproblemen en epilepsie, waarbij mannen ernstiger aangedaan zijn. Wij zullen iPS-cellen maken van zowel mannelijke als vrouwelijke patiënten en deze differentiëren naar neuronen en mini-breintjes door een innovatieve “patient-in-a-dish” approach. Hierin kijken we naar gen-expressie en methylatie, en bestuderen neurale netwerken. Door single-cell-RNA-sequencing wordt vastgesteld of individuele patiënten kwantitatieve en kwalitatieve afwijkingen in de gevormde breinceltypes hebben. Dit zal leiden tot nieuwe inzichten in het SETD1B-syndroom en in het bijzonder tot nieuwe kennis over man-vrouw-verschillen.

Producten

Titel: BRAIN-MAGNET: A novel functional genomics atlas coupled with convolutional neural networks facilitates clinical interpretation of disease relevant variants in non-coding regulatory elements
Auteur: Ruizhi Deng, Elena Perenthaler, Anita Nikoncuk, Soheil Yousefi, Kristina Lanko, Rachel Schot, Michela Maresca, Eva Medico-Salsench, Leslie E. Sanderson, Michael J. Parker, Wilfred F.J. van Ijcken, Joohyun Park, Marc Sturm, Tobias B. Haack, Genomics England Research Consortium, Gennady V Roshchupkin, Eskeatnaf Mulugeta, Tahsin Stefan Barakat
Magazine: medRxiv
Link: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.04.13.24305761v2.full-text
Titel: BRAIN-MAGNET: A functional genomics atlas for interpretation of non-coding variants
Auteur: Ruizhi Deng1,10 · Elena Perenthaler1,9,10 · Anita Nikoncuk1,11 · Soheil Yousefi1,11 · Kristina Lanko1,11 · Rachel Schot1 · Michela Maresca1 · Eva Medico-Salsench1 · Leslie E. Sanderson1 · Michael J. Parker2 · Wilfred F.J. van Ijcken3 · Joohyun Park4 · Marc Sturm4 · Tobias B. Haack4,5 · Gennady V. Roshchupkin6,7 · Eskeatnaf Mulugeta8 · Tahsin Stefan Barakat
Magazine: Cell
Link: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)01234-6
Titel: Zoektocht: waarom meer jongens dan meisjes met zeldzaam syndroom?
Auteur: Berit Sinterniklaas
Magazine: Amazing Erasmus MC
Link: https://amazingerasmusmc.nl/genetica/zoektocht-waarom-meer-jongens-dan-meisjes-met-zeldzaam-syndroom/
Titel: Hao-Fountain syndrome protein USP7 controls neuronal differentiation via BCOR-ncPRC1.1
Auteur: Joyce Wolf van der Meer1,†, Axelle Larue2,†, Jan A. van der Knaap1, Gillian E. Chalkley1, Ayestha Sijm1, Leila Beikmohammadi1, Aniek van der Vaart1, Ben Tilly1, Karel Bezstarosti1,3, Dick H. W. Dekkers1,3, Wouter A. S. Doff1,3, P. Jantien van de Wetering-Tieleman1,3, K.Lanko4, T. Stephan Barakat4, Tim Allertz5, A. Jeffrey van Haren5, Jeroen A. A. Demmers1,3,‡, Yaser Atlasi2,‡ and C. Peter Verrijzer1,‡*
Magazine: bioRxiv
Link: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.04.606521v1
Titel: SETD1B variants drive neurodevelopmental disorders and epilepsy: insights from 2D and 3D human models
Auteur: Y.Shi, K.Lanko and S.Barakat

Kenmerken

Projectnummer:
10250042110005
Looptijd: 100%
2022
2024
Gerelateerde programma's:
Gerelateerde subsidieronde:
Projectleider en penvoerder:
dr. K. Lanko
Verantwoordelijke organisatie:
Erasmus Medisch Centrum